یکی از میدانهای رویارویی امام باقر (ع) با اندیشه های منحرف، موضعگیریها و روشنگریهای آن حضرت در رویارویی با عقاید و مشی خوارج بود. امام باقر (ع) در برخی از تعالیم خود می فرمود: به این گروه مارقه باید گفت: چرا از علی (ع) جدا شدید، با این که شما مدتها سر در فرمان او داشتید و در رکابش جنگیدید و نصرت و یاری وی زمینه تقرب شما را به خداوند، فراهم می آورد.
آنها خواهند گفت: امیر المؤمنین (ع) در دین خدا حکم کرده است (یعنی در جنگ با معاویه حکمیت را پذیرفته است در حالی که نمی بایست شرعا حکمیت را بپذیرد).
به آنان باید گفت: خداوند در شریعت پیامبر حکمیت را پذیرفته و آن را به دو مرد از بندگانش وانهاده است.آنجا که فرموده: فابعثوا حکما من اهله و حکما من اهلها ان یریدا اصلاحا یوفق الله بینهما هر گاه میان زن و شوهر اختلافی رخ نمود که احتمال دارد به جدایی منتهی شود، به انگیزه ایجاد سازش و همدلی میان آنها، یک مرد از جانب شوهر و یک مرد از جانب زن به عنوان حکم فرستاده شوند تا اگر بنای اصلاح باشد، خدا آنان راتوفیق عطا کند. از سوی دیگر، رسول خدا (ص) در جریان بنی قریظه برای حکمیت، سعد بن معاذ را برگزید و او به آن چه مورد امضا و پذیرش خداوند بود، حکم کرد.
به خوارج باید گفت: آیا شما نمی دانید که وقتی امیر المؤمنین (ع) حکمیت را پذیرفت به افرادی که حکمیت بر عهده آنان نهاده شده بود فرمان داد تا بر اساس قرآن حکم کنند و از حکم خداوند فراتر نروند و شرط کرد که اگر حکم آنان خلاف قرآن باشد، آن را نخواهد پذیرفت؟ زمانی که کار حکمیت علیه علی (ع) تمام شد، برخی به آن حضرت گفتند: کسی را بر خود حکم ساختی که علیه تو حکم کرد! امیر المؤمنین (ع) در پاسخ گفت: من به حکمیت کتاب خدا تن دادم، نه به حکمیت یک فرد تا نظر شخصی خودش را اعمال کند. اکنون باید به خوارج گفت که در کجای این حکمیت، انحراف از حکم قرآن دیده می شود! با این که آن حضرت بصراحت اعلام کرد که: حکم مخالفت قرآن را رد می کند.
